mirnaDetect是使用java语言编写的用来在大规模基因数据中挖掘潜在的前体miRNAs的软件包。程序基于搜索和机器学习算法，mirnaDetect目前只支持Windows操作系统。
输入：fasta格式的基因序列文件
输出：查询序列中潜在的pre-miRNAs结果，gff3格式结果
下载解压mirnaDetect
首先使用软件mirnaDetect对序列注释，运行如下：
1，将测试文件test.txt文件拷贝到blast目录下，在doc中进入blast目录：
(1)formatdb.exe -i test.txt -p F -o T
(2)blastall.exe -p blastn -i mature.fa -d test.txt -o test_blastout.txt -e 0.005
注意：“test_blastout.txt”是BLAST结果文件；“-e 0.005”用来调整一个匹配的alignment质量。
2，把test.txt和test_blastout.txt文件拷贝到mirnaDetect目录下，在doc中进入mirnaDetect目录：
java -jar mirnaDetect.jar test.txt test_blastout.txt 0.5 4
注意“0.5”代表libSVM的分类阀值（从0到1），阀值越高，注释到的pre-miRNA越少，但是置信度越高；outlast.txt为结果文件。
3，如果需?蒰ff3文件，在上面两步后：
java -jar createGff3.jar outlast_info.txt outlast_simple.txt gff3_out.txt
注意：“gff3_out.txt”即为gff3格式结果文件。
示例（以下载的文件包中testData里的test.txt文件为例）：
将test.txt文件拷贝到blast目录下
test_blastout.txt是BLAST结果文件
2，把test.txt和test_blastout.txt文件拷贝到mirnaDetect目录下，在doc中进入mirnaDetect目录
outlast.txt为结果文件
3，如果需要生成gff3文件，在上面两步后
gff3_out.txt即为gff3格式结果文件
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