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外观

Unialigner 安装指南 ​

Unialigner 是发表在 Nature Methods 上的论文中提到的一款软件，旨在实现两条超长串联重复序列的比对。该软件的代码托管在 GitHub。

安装前的注意事项 ​

安装 Unialigner 时，请参考项目的 README 文档。以下是安装步骤的简要概述：

bash
# 克隆项目仓库
$ git clone git@github.com:seryrzu/unialigner.git

# 进入正确的文件夹
$ cd unialigner/tandem_aligner

# 使用 make 命令生成可执行文件
$ make -j4

请注意，项目最初名为 tandem_aligner，后更名为 unialigner。

CMake 和 GCC 的版本要求 ​

Unialigner 需要 CMake (>= 3.15) 和 GCC (>= 9.4)。如果版本不满足要求，将无法编译。

CMake 版本过低时的解决方法 ​

  1. 如有必要，卸载旧版本的 CMake：
bash
   $ sudo apt-get remove cmake
  1. 从 CMake 官方网站下载最新版本并安装：
bash
   $ sudo sh cmake-3.15.0-Linux-x86_64.sh \-\-prefix=\/usr\/local \-\-exclude-subdir
  1. 安装完成后，验证 CMake 版本：
bash
   $ cmake \-\-version

GCC 版本不符合要求时的解决方法 ​

  1. 尝试通过包管理器安装 GCC 9.4：
bash
   $ sudo apt-get update

   $ sudo apt-get install gcc-9
  1. 如果无法安装，则需从源代码编译（make这一步骤耗时很久）：
bash
   $ wget https:\/\/ftp.gnu.org\/gnu\/gcc\/gcc-9.4.0\/gcc-9.4.0.tar.gz

   $ tar -xzf gcc-9.4.0.tar.gz

   $ cd gcc-9.4.0
   
   $ make -j\$(nproc)

   $ sudo make install
  1. 安装后设置环境变量：
bash
   $ export PATH=\/usr\/local\/gcc-9.4.0\/bin:\$PATH

   $ export LD\_LIBRARY\_PATH=\/usr\/local\/gcc-9.4.0\/lib64:\$LD\_LIBRARY\_PATH
  1. 重新加载环境变量并验证 GCC 版本：
bash
   $ source ~/.bashrc
   
   $ gcc \-\-version

确认 CMake 和 GCC 版本符合要求后，设置环境变量并编译：

bash
$ export CC=\/usr\/local\/gcc\-9.4.0\/bin\/gcc

$ export CXX=\/usr\/local\/gcc\-9.4.0\/bin\/g\+\+

$ make

最终的可执行文件位于 ./build/bin/ 目录。

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