abPOA

abPOA 实现了偏序图比对，并采用了 K-band + SIMD 优化。支持蛋白质、DNA、RNA 序列。

安装

推荐使用 conda 进行配置

# 下载编译好的程序
$ conda install -c wym6912 -c conda-forge abpoa

Linux 系统

# 下载源代码
$ wget https://github.com/malabz/abPOA/releases/download/v1.4.1.1/abPOA-v1.4.1.1.tar.gz

# 解压
$ tar -xvf abPOA-v1.4.1.1.tar.gz

# 进入目录
$ cd abPOA-v1.4.1.1/

# 编译
$ make -j16

# 安装
$ sudo cp bin/abpoa /usr/bin/

Windows 系统

下载 压缩包 并使用压缩包管理器软件解压。

接下来在 Visual Studio 2022 上编译程序并使用：打开 abpoa.sln ，接下来选择 Build -> Build Solution 。打开 x64Debug 文件夹，获得 abpoa.exe 。若要生成正式版，需要在“属性”处选择 Release 模式。接下来， 选择 Properties -> Configuration Properties ，选择 Configuration Manager… 按钮，修改 Active Solution 为 Release。重新编译，在 x64®elease 文件夹下获得 abpoa.exe。

使用

# 利用 POA 进行偏序比对
$ abpoa mt1x.fasta -r 1 > mt1x.ans.fasta
# 比对蛋白质序列
$ abpoa protein.fasta -r 1 -c > protein.ans.fasta
# 生成共识序列
$ abpoa mt1x.fasta -r 0 > mt1x.abpoa.center.fasta

# 详细使用方法
$ abpoa --help

参考内容

· Lee, C., Grasso, C., & Sharlow, M. F. (2002). Multiple sequence alignment using partial order graphs. Bioinformatics, 18(3), 452-464.

· Lee, C. (2003). Generating consensus sequences from partial order multiple sequence alignment graphs. Bioinformatics, 19(8), 999-1008.

· Gao, Y., Liu, Y., Ma, Y., Liu, B., Wang, Y., & Xing, Y. (2021). abPOA: an SIMD-based C library for fast partial order alignment using adaptive band. Bioinformatics, 37(15), 2209-2211.