实用开发模块@lh3 的序列读取模块介绍:一个读取 fasta 和 fastq 文件格式的模块,读取速度和效率较佳。 用法:参考 这个文件 项目路径并行后缀数组介绍:部分后缀数组方法(如 DC3 等)采用基数排序完成,由于基数排序并行较为容易,因此有一些开发并行基数排序以实现并行后缀数组的方法。本项目进行了部分整理。 注意:由于 Cilk 已经被 gcc-7 弃用,因此采用 OpenMP 进行并行,代码中对于 OpenMP 的支持不足。 用法:参考 usage 项目路径 |