实用开发模块

@lh3 的序列读取模块

介绍:

一个读取 fasta 和 fastq 文件格式的模块,读取速度和效率较佳。

用法:

参考 这个文件

项目路径

项目路径

并行后缀数组

介绍:

部分后缀数组方法(如 DC3 等)采用基数排序完成,由于基数排序并行较为容易,因此有一些开发并行基数排序以实现并行后缀数组的方法。本项目进行了部分整理。

注意:由于 Cilk 已经被 gcc-7 弃用,因此采用 OpenMP 进行并行,代码中对于 OpenMP 的支持不足。

用法:

参考 usage

项目路径

项目路径