Clustal Omega

安装（Unix系统下）

安装clustalo

安装示例：
# 下载源代码
$ wget http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.2.4.tar.gz

# 解压
$ tar -xvf clustal-omega-1.2.4.tar.gz

# 进入目录
$ cd clustal-omega-1.2.4/

# 配置
$ ./configure

# 编译
$ make

# 安装
$ make install

# 环境变量设置，修改启动配置文件
$ vim ~/.bashrc
# 将以下内容添加到.bashrc文件中，localPath是clustalo的安装路径
export PATH=/localPath/clustal-1.2.4:$PATH
export PATH=/localPath/clustal-1.2.4/src:$PATH
# 更新启动配置文件
$ source ~/.bashrc

注意事项： Clustal-Omega需要argtable2(http://argtable.sourceforge.net/)。如果argtable2安装在非标准目录中，您可能需要的配置到它的安装目录。

在使用默认配置安装clustalo时，可能会报错：
configure: error: Could not find argtable2.h. Try $ ./configure CFLAGS='-Iyour-argtable2-include-path

# 解决方法：安装argtable2后，使用如下命令（localPath是argtable2的安装路径）
$ ./configure CFLAGS='-I/localPath/argtable2-13/src' LDFLAGS="-L/localPath/argtable2-13/src/.libs -largtable2"'

详见：clustalo官方安装手册

安装argtable2

安装示例：
# 下载源代码
$ wget http://prdownloads.sourceforge.net/argtable/argtable2-13.tar.gz

# 解压
$ tar -xvf argtable2-13.tar.gz

# 进入目录
$ cd argtable2-13

# 配置
$ ./configure

# 编译
$ make

# 安装
$ make install

# 环境变量设置，修改启动配置文件
$ vim ~/.bashrc
# 将以下内容添加到.bashrc文件中，localPath是argtable2的安装路径
export PATH=/localPath/argtable2-13:$PATH
export PATH=/localPath/argtable2-13/src:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=//localPath/argtable2-13/src:$LD_LIBRARY_PATH
# 更新启动配置文件
$ source ~/.bashrc

详见：argtable2

使用

# 最基础的使用方法
$ clustalo -i my-in-seqs.fa -o my-out-seqs.fa

# 详细使用方法
$ clustalo --help

参考内容

Sievers, Fabian et al. “Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega.” Molecular systems biology vol. 7 539. 11 Oct. 2011, doi:10.1038/msb.2011.75
Sievers, Fabian, and Desmond G Higgins. “Clustal Omega for making accurate alignments of many protein sequences.” Protein science : a publication of the Protein Society vol. 27,1 (2018): 135-145. doi:10.1002/pro.3290
clustalo的安装
Clustal Omega Help and Documentation