Unialigner软件安装指南

Unialigner 是发表在 Nature Methods 上的论文中提到的一款软件，旨在实现两条超长串联重复序列的比对。该软件的代码托管在 GitHub。

安装前的注意事项

安装 Unialigner 时，请参考项目的 README 文档。以下是安装步骤的简要概述：

$ git clone git@github.com:seryrzu/unialigner.git

$ cd unialigner/tandem_aligner

$ make -j4

请注意，项目最初名为 ‘tandem_aligner‘，后更名为 ‘unialigner‘。

Unialigner 需要 CMake (>= 3.15) 和 GCC (>= 9.4)。如果版本不满足要求，将无法编译。

1. 如有必要，卸载旧版本的 CMake：

$ sudo apt-get remove cmake

2. 从 CMake 官方网站下载最新版本并安装：

$ sudo sh cmake-3.15.0-Linux-x86_64.sh --prefix=/usr/local --exclude-subdir

3. 安装完成后，验证 CMake 版本：

$ cmake --version

1. 尝试通过包管理器安装 GCC 9.4：

$ sudo apt-get update

$ sudo apt-get install gcc-9

2. 如果无法安装，则需从源代码编译（make这一步骤耗时很久）：

$ wget https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-9.4.0/gcc-9.4.0.tar.gz

$ tar -xzf gcc-9.4.0.tar.gz

$ cd gcc-9.4.0

$ make -j$(nproc)

$ sudo make install

3. 安装后设置环境变量：

$ export PATH=/usr/local/gcc-9.4.0/bin:$PATH

$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gcc-9.4.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

4. 重新加载环境变量并验证 GCC 版本：

$ source /.bashrc

$ gcc --version

确认 CMake 和 GCC 版本符合要求后，设置环境变量并编译：

$ export CC=/usr/local/gcc-9.4.0/bin/gcc

$ export CXX=/usr/local/gcc-9.4.0/bin/g++

$ make

最终的可执行文件位于 ‘./build/bin/‘ 目录。